Teorien om Eksekutiv Dysfunktion (Executive Dysfunction) ved autisme blev fremsat af Sally Ozonoff, Robert Pennington og Sally Rogers i 1991. Menneskets eksekutive funktioner er de funktioner, der har at gøre med planlægning, arbejdshukommelse, impulshæmning og fleksibilitet, og teorien går ud på, at mennesker med autisme især har vanskeligheder inden for netop disse funktioner.
Der er lavet en lang række undersøgelser, der viser, at mennesker med autisme ofte har store vanskeligheder med eksekutivfunktionerne – selv de, der har højtfungerende autisme, herunder Aspergers syndrom.
Det er dog næppe sådan, at de eksekutive dysfunktioner er årsagen til autisme, eftersom de typisk først bliver tydelige senere i udviklingen end andre afvigelser ved autisme, fx de sociale.
En nyere forklaring af betydningen af eksekutivfunktionernes rolle ved autisme er, at de – snarere end at forårsage autisme – spiller en rolle for, hvor tydeligt autismen kommer til udtryk: Jo bedre eksekutivfunktioner, des lettere vil det være at kompensere for autismen. Det er Mark Johnson, der har fremsat denne hypotese.